La Universidad Nacional del Altiplano Puno se ubica en los últimos lugares a nivel nacional en la ejecución presupuestal de proyectos con 5.8% de los S/ 25 millones (25, 575,638), según consulta amigable del Ministerio de Economía y Finanzas (MEF).
El proyecto de adquisición de equipamiento de ambientes de gestión administrativa y académica en las 35 escuelas profesionales de la UNAP cuenta con cinco millones de soles (5,990,569); sin embargo, está a cero en ejecución financiera.

En similar situación está el mejoramiento y ampliación del servicio de agua potable y saneamiento en el campus de la ciudad universitaria, cuyo presupuesto es más de dos millones de soles (2,725,931) pero su avance es del 0.9%.
Según MEF, otro proyecto denominado creación del servicio del mega laboratorio clínico universitario de salud humana en altura para la formación e investigación en la UNAP está con 1.8% de avance financiero, pese a tener un presupuesto de tres millones de soles (3,017,680).
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